德川幕府統治下的江戶時代，位於豐後的羽根藩內，青年武士檀野莊三郎（岡田准一 飾）和友人因為小事起了爭執，繼而拔刀傷及對方。家老中根兵右衛門（串田和美 飾）赦免他的死罪，轉而命其監視住在城外小山村的武士戶田秋谷（役所廣司 飾）的動向。戶田曾擔任郡奉行，與家老是兒時好友。七年前他涉嫌和藩主的側室（寺島忍 飾）通姦而被問罪，由於秋谷一直負責撰寫羽根藩家譜，因此藩主命其在十年內完成家譜的編寫，並於完工之日切腹自殺。抱著種種疑惑，莊三郎見到了淡定自若的秋谷及其妻子織江（原田美枝子 飾）、女兒薰（堀北真希 飾）以及少

季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。 劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一學年目を終えようとしていた。 達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。 束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。 しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脫走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる――。