為了成為合格的神奇寶貝訓練師，小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真 配音）、艾莉絲（悠木碧 配音）帶著各自的小夥伴繼續修業之旅。這次他們來到了美麗的山中小鎮艾茵多奧克參加神奇寶貝的比賽，並在此遇到