前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大會で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中學校に入學し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

第三期 銀河 時空之石事件之後，在聖光之路大賽足球場即將舉辦全新閃電日本選拔，在獲選的選手中，除了天馬、劍城以及神童外，全是在其他學校首次踢球的運動選手，他們要如何整頓球隊迎接世界的挑戰呢？ 此隊與劇場版《閃電十一人GO VS紙箱戰機》的新生閃電日本隊並無關係，是由黑巖監督親自從日本挑選而組成的球隊。 除了雷門的三巨頭外，其他八名都是從參加神聖之路的隊伍的板凳裡選出來，且八人均是踢足球的新手。 目前新生閃電日本隊沒有板凳成員。 在世界大賽中禁止使用化身（所以更別說極限和體了）。 在第一主題曲中有出現的國家