自2002年X檔案的六年後，前聯邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調任某教會醫院擔任醫師，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居