沿續上一季的劇情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X檔案的編劇似乎有用不完的點子。這季內容包括了湖中水怪、能控制人意識的精神病患、唐人街上的紛爭、二次大戰時日本的人體實驗等等。