1991年6月29日（土）に東寶系にて劇場公開作品。
TV版のラストから3年後のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス號乗組員はナディアの回想シーン以外では登場しない。この回想シーンは映畫序盤で斷続的に30分ほど続き、作畫はテレビ版の流用である。TV版最終回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船長の子供も登場しない。
當初はガイナックスが製作する予定だったが、監督の庵野秀明はテレ
